يهدف القسم التعليمي الي تحقيق والهام جميع زوار المتحف بالحضارة والتراث المصري بشقيه المادي والغير مادي وذلك للحفاظ عليه. ويتم ذلك من خلال مجموعة متنوعة من استراتيجيات التعليمية المبتكرة ومجموعة من البرامج يتم من خلالها استهداف فئات من المجتمع بأعينها.
والبرامج هي: برامج متخصصة للطفل ما قبل المدرسة وبرامج للمدارس، وتنقسم حسب مراحل التعلم في مصر، برامج الجامعات وبرامج لذوي الاحتياجات الخاصة (الإعاقة الخاصة) وبرامج صيفية وبرامج تواصل مجتمعي.
